Prof. dr hab. Marek Szydło jest autorem przeszło 220 publikacji naukowych, w tym 14 samodzielnych monografii naukowych oraz szeregu rozdziałów w pracach zbiorowych. Opublikował blisko 200 artykułów naukowych w renomowanych czasopismach prawniczych; w szczególności jest autorem 20 artykułów naukowych opublikowanych w zagranicznych czasopismach z tzw. listy filadelfijskiej (Journal Citation Reports), czyli liście najbardziej prestiżowych i wpływowych czasopism naukowych na świecie. Jego prace naukowe są licznie cytowane w światowej literaturze prawniczej (w Europie, USA, Australii), w tym w prestiżowych czasopismach z listy filadelfijskiej oraz w zagranicznych podręcznikach wydawanych przez renomowanych wydawców, nadto często powoływane orzecznictwie sądowym. Obecnie prof. dr hab. Marek Szydło posiada jeden najwyższych współczynników wpływu swoich publikacji (tzw. Impact Factor według Web of Science liczony zgodnie z IF czasopisma) spośród wszystkich polskich prawników, co jak na publikacje w czasopismach z dziedziny nauk prawnych jest wynikiem znaczącym.
Zainteresowania naukowe prof. dra hab. Marka Szydło skoncentrowane na szeroko rozumianym prawie publicznym, w tym publicznym prawie gospodarczym, prawie konstytucyjnym, prawie administracyjnym, prawie Unii Europejskiej, prawie międzynarodowym, a także na licznych aspektach prawa prywatnego w zakresie prowadzenia działalności gospodarczej.
Prof. dr hab. Marek Szydło jest autorem kilkuset opinii i ekspertyz prawnych, które sporządzał na potrzeby procesów legislacyjnych lub na potrzeby procesów stosowania prawa. Ich odbiorcami były w szczególności instytucje publiczne, w tym Sejmu RP, Najwyższa Izba Kontroli, liczne ministerstwa, urzędy centralne i jednostek samorządu terytorialnego oraz szereg spółek prawa handlowego, w tym duże spółki Skarbu Państwa i spółki samorządowe.
Prof. dr hab. Marek Szydło występował jako pełnomocnik prawny w postępowaniach przed sądami polskimi, w tym przed Trybunałem Konstytucyjnym, Naczelnym Sądem Administracyjnym, Wojewódzkimi Sądami Administracyjnymi, Sądem Ochrony Konkurencji i Konsumentów, a także z powodzeniem uczestniczył jako pełnomocnik rządu polskiego w postępowaniu przed Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej (w sprawie polskiego podatku od sprzedaży detalicznej).